Výroční konference pořádá ČSHV každoročně.

Tématické zaměření jednotlivých konferencí s odkazy na programy: 

2018 - Rok 1918 jako mezník ve vývoji hudební kultury střední Evropy. 

2017 - Forma, reforma a reformace v hudbě a hudební vědě. Melodram.

2016 - Shakespeare a hudba. Hudba a škola.

2015 - Jakub Jan Ryba a kantorská hudba 18. a 19. století. Česká a slovenská hudba 1918-1939

2014 - Stávající hudební instituce. Současný stav a perspektivy

2013 - Duchovní hudba - Hudba slovanské vzájemnosti - Hudba po roce 1989

2012 - Hudební regionalistka / Stará hudba v nové době

2011 - Hudební dílo, jeho interpretace a interpreti

2010 - Systematická hudební věda / Hudební sbírky a hudební sběratelství ve vztahu k muzejní a archivní práci

2009 - Händel – Haydn – Mendelssohn a jejich "druhý život" v českých zemích a na Slovensku v 18. a 19. století

2008 - Fenomén mecenášství v hudební kultuře / Kabeláč – Ištvan

2007 - Nové výsledky výzkumu českých muzikologů

2006 - Jak psát hudební dějiny? K teoretickým a metodologickým otázkám hudební historiografie

2005 - Collegium musicorum - Sdružení a sdružování v hudebních dějinách

2004 - Česká muzikologie ve třetím tisíciletí

2003 - Kritika

2002 - Nové poznatky o hudbě v zemích Koruny české od počátků do r. 1622

2001 - Hudební lexikografie

2000 - Systematická muzikologie - nové poznatky v oborech hudební psychologie a etnomuzikologie